Это perl, вкомпилированный в apache, что придает многие преимущества:
Правда, ничего не дается даром и самый важный недостаток mod_perl -- огромный расход памяти: если обычный apache занимает при работе обычно меньше мегабайта, то apache с mod_perl размером в 10-15 Mb -- вполне нормальное явление. Но, при правильной настройке, значительная часть этой памяти будет shared между копиями процессов.
Основной сайт про mod_perl - http://perl.apache.org, в частности великолепный mod_perl Guide на http://perl.apache.org/guide/. Новости mod_perl на сайте Take23.org
Программа CGI исполняется один раз, за тем умирает. Под mod_perl же она загружается и исполняется до смерти сервера (в случае использования Apache::Registry, см. далее), поэтому она требует более аккуратного описания - закрывать файлы, не использовать много памяти, и тд.
Более подробно о переписывании программ CGI под mod_perl - http://perl.apache.org/guide/porting.html.